南京玄奘寺里供奉的顶骨舍利，其实不止两块。在1942年，日军把大报恩寺遗址下的玄奘顶骨挖出来后，为了遮掩他们抢劫的真相，提出要和中国平分。汪伪政府不但没有阻拦，还把手里拿到的那部分又送到了南京和其他地方供奉。这种多次的分割操作，就导致现在的舍利分散在好几个地方。 比如1943年，汪伪政府在南京九华山的三藏塔下地宫里埋了一份，用水泥封住了。1944年，他们又把一份转移到了日本埼玉县慈恩寺。而南京本地其实有两份，一份是在1973年从南京博物院移交到灵谷寺玄奘院地宫佛牙塔里的；另一份则是留在了九华山三藏塔里面。 除此之外，还有不少地方也有供奉：像西安大慈恩寺在2000年分供了一份，成都文殊院在1965年迎请了一份，台北玄奘寺在1955年收到了日本赠送的一份，新竹玄奘大学在1998年从灵谷寺分来了一份。甚至远在印度的那烂陀寺，也在1956年经周总理批准接收了一份。 不过话说回来，南京灵谷寺供奉舍利的建筑不叫“玄奘塔”，而是纪念堂内的一座十三层密檐楠木塔，也就是“佛牙塔”。到了2011年以后，才把舍利安奉在金丝楠木纯金构件的“玄奘大师顶骨塔”里。而“三藏塔”指的是九华山那座砖塔。 至于北京和东京这些地方，虽然也有传言说曾经存放过部分顶骨舍利，但具体情况现在看来有些存疑。尤其是1952年虚云法师传说是送给了斯里兰卡那一份，目前还存在争议。另外像广州等地在文革期间遭到了破坏，没能保存下来。 所以说到底，玄奘顶骨舍利不是只有两块，而是经过了这么多年的历史变故，分散在了全国各地至少9到10个地方供奉着。而南京本地就有两个地方在保存着：一个是灵谷寺里的佛牙塔或金塔，另一个就是九华山的三藏塔。