李作鹏晚年住院期间，林豆豆去看望他时给了他一件小礼物，结果看到礼物后的他顿时泪流满面。1999年3月，随着李作鹏身体状况恶化，无法自理生活且经济拮据，他向组织申请搬到北京与子女同住。1999年1月3日，他们一家人终于在北京安定下来。组织给了李作鹏不错的待遇，包括生活补贴和定期体检。2005年2月，他的妻子董其采因病去世，这对李作鹏来说是一个巨大的打击。2007年10月，李作鹏在家中不慎滑倒并骨折，家人把他送到医院检查时发现还有肝癌。为了不让他难过，家人隐瞒了病情。2008年春节前后他回到家休养了几天，但很快又出现不适被送回医院治疗。2009年4月22日是李作鹏的95岁生日，当天他见到了许多前来探望的亲友，包括邱会作的儿子邱路光、黄永胜的儿子黄春光和林豆豆等人。李作鹏看到水晶雕像后忍不住哭了起来。在接下来的几个月里，他的身体状况越来越差。最终在2009年1月3日晚上，李作鹏在病痛中离世。他一生充满波折，但他在平静中结束了一切。