藤原氏掌控了日本皇室后，皇位的传承方式和上皇的权力范围发生了巨大变化。当初平安初期改革后，天皇不再能牢牢掌控皇位继承的权力，藤原氏利用一些规矩让上皇的话语权减弱。尤其是摄关时代，藤原氏几乎完全掌握了皇位传承的决策权。这一时期除了宇多天皇，其他天皇多是藤原氏女子所生。尤其是醍醐天皇之后的十位天皇，他们的母亲都是藤原摄关家的人。日本古代有个习惯，后妃怀孕要回到娘家生产。所以皇子从小就在藤原家生活，他们被亲情所束缚，难以形成自己的势力。这样一来，藤原氏就把天皇的婚姻和政权都控制住了。因为幼帝容易掌控，藤原氏就经常推行禅让。这次禅让中有七位天皇是通过禅位成为上皇的。但后朱雀上皇把位置传给了自己的儿子，以法律形式确立了父子相继和嫡庶的顺序区别。可是藤原氏干预下这个顺序还不太清楚。也因为这样一位上皇能历经多朝也属常见。阳成上皇在位65年就当过光孝、宇多、醍醐、朱雀和村上五朝上皇；冷泉上皇在位42年就当过圆融、花山、一条和三条四代天皇。上皇和在位天皇年纪差不多亲缘又远了一点就会觉得彼此之间比较冷漠了。 为了让自己亲信成为皇太子或天皇，藤原氏常常使用强硬手段逼迫退位者让出位置。像三条帝这种情况也很常见，有时候还会通过哄骗来实现目的。比如花山帝把位置传给他的外孙时道兼趁他悼念女儿的时候劝他出家让他没有退路只好默默禅位道兼离开时说自己没告知父亲就出家了很不孝请允许自己回家再做决定就这么走了花山帝才知道被人骗了。 摄关时代虽然上皇地位尊贵但权力早就被架空了不能干预政治了为了让皇位顺利传承他们对退位者还是很优待的比如藤原道长就给敦明亲王加了小一条太上天皇尊号让他享受所有待遇开创了未即位却能得到这个尊号的先例说明这个时候太上天皇尊号更多只是个象征礼仪和经济待遇而已根本没办法掌握实际权力了。