皇太极征服漠南蒙古后，给明朝带来了严重打击，这让明朝“联蒙抗金”的战略彻底失败。漠南蒙古不仅没成为对付后金的棋子，反而成为了后金的盟友，并为后金提供了大量兵员。皇太极在征服漠南后，其威望达到了前所未有的高度。1636年，漠南蒙古16部、49贝勒在盛京集会，尊皇太极为“博格达·彻辰汗”，从此皇太极就成了蒙古的共主，漠南蒙古也正式纳入清朝版图。后来喀尔喀三部、卫拉特蒙古等也相继归附，为清朝参与西藏事务埋下伏笔。征服漠南让后金的版图扩大到河套平原和阿拉善高原，横贯明朝九边防线以北。为了巩固统治，皇太极采取了一系列政策。首先是联姻。他娶了林丹汗的遗孀娜木钟为妃，并把长女嫁给林丹汗之子额哲。第二是设立盟旗制度。1629年颁布法令要求蒙古部落遵守后金制度并设旗编制。早在1624年努尔哈赤就对科尔沁部进行牛录编制。征服漠南后全面推行旗制设立11个札萨克旗。1636年清朝建立后设27个内札萨克旗。1639年又在旗之上设盟形成盟旗制度。 第三是建立蒙古八旗。努尔哈赤初设蒙古旗是在1621年。1635年皇太极正式设蒙古八旗其官制和满洲八旗相同地位仅次于满洲八旗高于汉军八旗。第四是划定牧场边界编户齐民。成吉思汗曾推行千户制度划定牧场以实现组织化治理后金吸取经验教训也推行分画牧地政策规定贵族牧民不能随意迁徙侵占他人财产这样有利于社会稳定经济发展还能遏制部落兼并1636年派遣大臣料理蒙古事务以50户为单位编为牛录设章京管理实现精细化管理第五是设理藩院1636年设置蒙古衙门地位与六部平级1638年改为理藩院管辖喇嘛教和西藏事务后来职能扩大成为管理所有少数民族事务的最高机构。 征服漠南让清朝横贯塞外暴露了明朝九边防线使满蒙军队可以绕开关宁防线进攻长城任何虚弱点如1629年皇太极带领满蒙军队迂回入关围攻北京导致袁崇焕被杀崇祯新政结束1632年从山西入塞1635年多尔衮从山西入塞此后清军又两次入关作战给明朝经济造成很大破坏加剧社会矛盾。 清朝征服蒙古后还获得互市权利过去明金交战互市中断后金无法解决粮食危机但征服漠南后互市继续进行如1632年宣府互市1636年杀虎口喜峰口张家口互市他们购买纺织品粮食茶叶等一直到明朝灭亡双方一直在进行贸易不过地点都是过去开放给蒙古的关口实际上崇祯皇帝不允许和清朝贸易但地方官员为了经济发展依然进行贸易导致一边交战一边贸易的奇怪现象出现根据蒙古法令规定后金出征时臣服的蒙古牧民下到14岁上到69岁必须全员出兵如果南征明朝那每旗也必须出一定军队编制的蒙古八旗拥有8000多兵力而藩属蒙古可以征调5万兵力都是精锐骑兵战斗力超强为后金提供了强大助力。